中国科学院昆明植物研究所
当前位置:首页 > 机构概况 > 人才队伍
left
人才队伍
专家人才
 

姓  名:
章成君
学  科:
生物化学与分子生物学/生物信息学
人才类别:
研究员
电话/传真:
0871-65230869  0871-65230869
电子邮件:
zhangchengjun@mail.kib.ac.cn
通讯地址:
云南省昆明市盘龙区蓝黑路132号中国科学院昆明植物研究所 650201
更多信息:
  
简历:

    章成君,198210月出生于浙江上虞,理学博士。现任中国科学院昆明植物研究所研究员,博士生导师,2015年入选中科院百人计划择优资助。

    2005年毕业于华中农业大学理科基地班生物技术专业,获学士学位。20059月至20116月在华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室张启发院士、龙漫远教授指导下硕博连读,深入的研究了水稻嵌合基因演化模式,并开发了基于动态规划算法的分子进化分析工具(DPP/OBSM)2011年至2014年赴美国芝加哥大学生态演化系龙漫远教授实验室做博士后研究,参与了OGE(Oryza genome evolution, NSF1026200, 995万美金)项目,对11个野生稻的fusion gene进行了深入研究,期间开发了gKaKs流程用于计算基因组层面的Ka/Ks;并提出alternative splicing在复杂基因结构演化过程中的重要作用;20148月以“海外杰出人才”加盟中国科学院昆明植物研究所,在中国西南野生生物种质资源库担任PI,博导。

    担任Genome ResPlant CellMBEScientific ReportPCEBMC genomicsGBESCI期刊审稿人。2017-2021年期间受邀担任法国Agropolis基金评审专家。 

研究领域:

    从事新基因起源机制、云南高原特色中草药种子组学研究。目前课题组有工作人员7名,在读博士生1名,硕士研究生3名,博士后1名。

    1、 禾本科、十字花科基因组演化、新基因起源机制研究

    禾本科、十字花科有着丰富的基因组资源,其分化年限在60MY左右,是研究新基因起源的理想材料。目前我们收集了全国范围内的独行菜、菥蓂、播娘蒿等材料,通过基因组测序等手段,研究新基因在居群水平的起源机制。

    2、 云南高原特色中草药种子组学研究

    云南有着明显的垂直气候梯度,植物种类繁多,有着丰富的药用植物资源。我们通过高通量测序技术,对这些药用植物的种子进行组学研究,期望对中草药的种质保存、良种选育做出贡献。目前我们收集了人参属的三七、屏边三七等种子开展研究。 

社会任职:
获奖及荣誉:
代表论著:

1. Nayidu NK, Wang L, Xie W, Zhang C, Fan C, Lian X, Zhang Q, Xiong L# (2008) Comprehensive sequence and expression profile analysis of PEX11 gene family in rice. Gene 412:59-70.   

2. Nuruzzaman M, Gupta M, Zhang C, Wang L, Xie W, Xiong L, Zhang Q and Lian X# (2008) Sequence and expression analysis of the thioredoxin protein gene family in rice. MGG 280:139-151.   

3. Gupta M, Qiu X, Wang L, Xie W, Zhang C, Xiong L, Lian X, Zhang Q# (2008) KT/HAK/KUP potassium transporters gene family and their whole-life cycle expression profile in rice (Oryza sativa). MGG 280:437-52.   

4. Xie W, Chen Y, Zhou G, Wang L, Zhang C, Zhang J, Xiao J, Zhu T, Zhang Q# (2009) Single feature polymorphisms between two rice cultivars detected using a median polish method. Theor Appl Genet 119:151-164.   

5. Xia J#, Hu X, Shi F, Niu X and Zhang C (2010) Support vector machine method on predicting resistance gene against Xanthomonas oryzae pv. oryzae in rice. Expert Systems with Applications 37:5946-5950.   

6. Du H, Ouyang Y, Zhang C, Zhang Q# (2011) Complex evolution of S5, a major reproductive barrier regulator, in the cultivated rice Oryza sativa and its wild relatives, New Phytologist, 191:275-287.   

7. Zhang C, Wang J, Xie W, Zhou , Long M , Zhang Q# (2011) Dynamic programming procedure for searching optimal models to estimate substitution rates based on the maximum-likelihood method, Proc Natl Acad Sci USA, 108(19):7860-7865.   

8. Hu Y, Liu D, Zhong X, Zhang C, Zhang Q, Zhou DX# (2012) CHD3 protein recognizes and regulates methylated histone H3 lysines 4 and 27 over a subset of targets in the rice genome, Proc Natl Acad Sci USA, 109(15): 5773-5778.   

9. Zhou G, Chen Y, Yao W, Zhang C, Xie W, Hua J, Xing Y, Xiao J, and Zhang Q# (2012) Genetic composition of yield heterosis in an elite rice hybrid, Proc Natl Acad Sci USA, 109(39):15847-15852.   

10. Zhang C*, Wang J*, Long M, Fan C# (2013) gKaKs: The pipeline for genome level Ka/Ks calculation, Bioinformatics, doi: 10.1093/bioinformatics/btt009.   

11. Yan W, Liu H, Zhou X, Li Q, Zhang J, Lu L, Liu T, Liu H, Zhang C, Zhang Z, Shen G, Yao W, Chen H, Yu S, Xie W, Xing Y# (2013) Natural variation in Ghd7.1 plays an important role in grain yield and adaptation in rice, Cell Research, doi: 10.1038/cr.2013.43   

12. Zhang C*, Wang J*, Marowsky NC, Long M, Rod AW#, Fan C# (2013) High Occurrence of Functional New Chimeric Genes in Survey of Rice Chromosome 3 Short Arm Genome Sequences, Genome Biology and Evolution, doi: 10.1093/gbe/evt071   

13. Zhang C, Gschwend RA, Ouyang Y, Long M# (2014), Evolution of gene structural complexity: An alternative-splicing based model accounts for intron-containing retrogenes, Plant Physiology, doi: 10.1104/pp.113.231696   

14. Zhang C#, Yang H, Yang H (2015), Evolutionary Character of Alternative Splicing in Plants, Bioinformatics and Biology insights, 2015:9(S1)  

15. 杜丽思,章成君,张靖,彭晟,杨静,刘林,李成云,杜云龙#,两种生态型玛咖叶片的丛生芽诱导,云南农业科技,2016年第24-6 

16. Ouyang Y#, Li G, Mi J, Xu C, Du H, Zhang C, Xie W, Li X, Xiao J, Song H, Zhang Q (2016), Origination and Establishment of a Trigenic Reproductive Isolation System in Rice, Molecular Plant, 9:1542-1545. 

17. Zhu Y*, Chen L*, Zhang C, Hao P, Jing X#, Li X# (2017), Global transcriptome analysis reveals extensive gene remodeling, alternative splicing and differential transcription profiles in non-seed vascular plant Selaginella moellendorffii, BMC Genomics, 18(Suppl 1):1042.

承担科研项目情况:

1. 海外杰出人才 引进启动项目(禾本科基因组分析平台搭建及其新基因演化机制研究);     

2. 2015年国家自然科学基金面上项目(禾本科基因组嵌合基因形成机制研究及功能初探);     

3. 中国科学院“百人计划”支持;     

4. 其他企业横向。 

中国科学院昆明植物研究所

版权所有 Copyright © 2002-2016 中科院昆明植物研究所,All Rights Reserved 【滇ICP备05000394号
地址:中国云南省昆明市蓝黑路132号  邮政编码:650201    点击这里联系我们  手机版