1983获厦门大学理学学士学位，1990年1月获中科院昆明植物研究所理学硕士学位，1997年获德国图宾根大学（Universität Tübingen）理学博士学位，学位论文成绩“特优”，并获该校优秀博士论文奖。
1998年任中科院昆明植物研究所副研究员，2001年破格提升为中科院昆明植物研究所研究员，从事真菌分类学、分子系统学、分子生物地理学及群体遗传学的研究。2003年获中科院研究生院博士生导师任职资格。曾应邀多次到美国哈佛大学、日本国立科学博物馆、德国马尔堡大学及泰国清迈大学开展客座研究。2002年在第三届亚太菌物学大会上，作为大型真菌分会联合主席，与他人共同主持该分会的工作。2003年获云南省自然科学二等奖（第1获奖人）。2005年获国家杰出青年基金资助，同年获“云南省中青年学术和技术带头人”称号。2006年入选中国科学院“百人计划”，并获中科院知识创新工程重要方向项目资助。2007年应邀在第五届国际菌根食用菌大会（IWEMM5, Chuxiong Aug. 26-29th, 2007）上做30分钟的大会报告。
发表学术论文70余篇，其中40篇载“SCI”源刊物上，发表个人学术专著2部，合著专著4部。现任《云南植物研究》副主编，兼任德国《Mycological Progress》、日本《Mycoscience》、我国《菌物学报》、《菌物研究》及《生物多样性》等5个学术期刊的编委，中国菌物学会理事，云南省工业微生物发酵工程重点实验室学术委员会委员。

真菌分类学、分子系统学、分子生物地理学及群体遗传学

1.吴兴亮、李泰辉、宋斌、戴玉成、杨祝良、沈亚恒、刘波、毕志树、胡炎兴、郑国扬: 华南及邻近地区森林高等真菌多样性研究。获2007年度教育部自然科学奖二等奖）。
2. 杨祝良、M. Weiss、臧穆、F. Oberwinkler、刘培贵、王向华：中国鹅膏科真菌的物种多样性、系统学及菌根研究。获2003年度云南省自然科学二等奖。
3.许再富、陶国达、张业海、黄震中、杨祝良、余彩、禹平华：云南元江干热河谷山地退化现状及合理开发利用的研究。1989年度云南省科技进步二等奖。

1.杨祝良（2005）：《中国真菌志·第二十七卷·鹅膏科》。北京：科学出版社
2.Yang, Z.L. (2005): Chapter 2. Diversity and Biogeography of Higher Fungi in China. In: Xu, J.P. (ed.). Evolutionary Genetics of Fungi. Norfolk (UK): Horizon Bioscience. Pp. 35–62
3.Yang, Zhu-Liang, M. Weiß, I. Kottke et al. (1999): Chapter 8. Amanita. In Cairney, J. W. G. & S. M. Chambers (eds.) Ectomycorrhizal Fungi: Key Genera in Profile. Berlin: Springer-Verlag. Pp. 201–230
4.Yang, Zhu-Liang (1997): Die Amanita-Arten von Südwestchina. Biblioth. Mycol. 170: 1–240. Berlin: J. Cramer.

1.Xu JP*, Sha T, Li YC, Zhao ZW, Yang ZL. 2008. Recombination and genetic differentiation among natural populations of the ectomycorrhizal mushroom Tricholoma matsutake from southwestern China. Molecular Ecology 17: 1238-1247
2.Ge ZW, Yang ZL*, Zhang P, Matheny PB, Hibbett DS. 2008. Flammulina species from China inferred by morphological and molecular data. Fungal Diversity (accepted and In press)
3.Matheny PB, Wang Z, Binder M, Curtis JM, Lim YW, Nilsson RH, Hughes KW, Hofstetter V, Ammirati JF, Schoch CL, Langer E, Langer G, McLaughlin DJ, Wilson AW, Froslev T, Ge ZW, Kerrigan RW, Slot JC, Yang ZL, Baroni TJ, Fischer M, Hosaka K, Matsuura K, Seidl MT, Vauras J, Hibbett DS. 2007. Contribution of rpb2 and tef1 to the phylogeny of mushrooms and allies (Basidiomycota, Fungi). Molecular Phylogenetics and Evolution 43: 430-451
4.Xu J*, Guo H, Yang ZL.* 2007. Single nucleotide polymorphisms in the ectomycorrhizal mushroom Tricholoma matsutake. Microbiology-SGM 153: 2002-2012
5.Yang ZL. 2005. Diversity and Biogeography of Higher Fungi in China. In: Xu J. (ed). Evolutionary Genetics of Fungi. Norfolk (UK): Horizon Bioscience. Pp. 35–62
6.杨祝良. 2005.《中国真菌志·第二十七卷·鹅膏科》。北京：科学出版社。1-258页
7.Zhang LF, Yang ZL*, Song DS. 2005. A phylogenetic study of commercial Chinese truffles and their allies: taxonomic implications. FEMS Microbiology Letters 245: 85–92
8.Kirschner R, Yang ZL. 2005. Dacryoscyphus chrysochilus, a new staurosporous anamorph with cupulate conidiomata from China and with affinities to the Dacrymycetales (Basidiomycota). Antonie van Leeuwenhoek International Journal of General and Molecular Microbiology 87: 329–337
9.Yang ZL*, Matheny PB, Ge ZW, Slot JC, Hibbett DS. 2005. New Asian species of the genus Anamika (euagarics, hebelomatoid clade) based on morphology and ribosomal DNA sequences. Mycological Research 109: 1259–1267
10.Yang ZL*, Weiß M, Oberwinkler F. 2004. New species of Amanita from the eastern Himalaya and adjacent regions. Mycologia 96: 636–646
11.Zhang LF, Yang JB, Yang ZL.* 2004. Molecular phylogeny of eastern Asian species of Amanita (Agaricales, Basidiomycota): taxonomic and biogeographic implications. Fungal Diversity 17: 219–238

横断山区主要高等担子菌的多样性及其代表物种的演化研究（2006.1–2009.12），经费160万元。
2.院创新三期重要方向项目（KSCX2-YW-G-025）中国西南高山亚高山地区高等真菌资源与化学成分研究 （2006.10–2009.10），经费100万元。
3.“十五”国家基金重大项目孢子植物志卷册编研(30499340)：《中国真菌志 ▪ 环柄菇类》编研（2004.10–2009.06），经费15万元。